根据《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第三十一条规定处理，使用发票的单位和个人应当妥善保管发票，发生发票丢失情形时，应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并在辖区内地级市报刊上登报声明作废。然后填报《发票挂失损毁报告表》，持税控设备到国税主管机关或自行办理电子发票退回或作废手续。

税务机关对丢失增值税专用发票的纳税人，可以按发票管理办法未按照规定保管发票的情形，由税务机关责令限期改正，可以并处1万元以下的罚款；情节严重的，处1万元以上3万元以下罚款。

税务机关对丢失空白普通发票的纳税人，可以按发票管理办法第三十六条未按照规定保管发票的情形，由税务机关责令限期改正，可以并处1万元以下的罚款。情节严重的，处1万元以上3万元以下罚款。

根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)第三条规定进行处理：

“一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》(附件1、2，以下统称《证明单》)，作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。

一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。

一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。”

丢失已开具的普通发票发票联，使用发票的单位和个人应于发票丢失当日在市州级以上党政报刊杂志上刊登遗失声明，并向主管税务机关提交已登报声明作废的证明材料。

受票方需要用存根联入账作为税前扣除凭证的，必须要取得开票方注明“此件是我单位提供，与原件相符”并加盖公章的存根联复印件，与发票丢失登报声明一并作为原始凭证。

纳税人丢失普通发票全部联次的，按丢失空白普通发票处理。

增值税专用发票被盗、丢失是否必须在《中国税务报》上刊登“遗失声明”?

国家税务总局《关于被盗、丢失增值税专用发票有关问题的公告》(国家税务总局公告2016年第50号)明确，决定取消纳税人的增值税专用发票发生被盗、丢失时必须统一在《中国税务报》上刊登“遗失声明”的规定。